Чувствую, этот вопрос подлежит исследованию
Как я понял после быстрого просмотра, в Visio 2007 примечания не были связаны с шейпами. Они относились к странице.
В Visio 2013 примечания связываются с шейпами. (Или могут быть связаны). То есть изменилась структура хранения примечаний.
При конвертировании документа старые примечания прицепить некуда, поэтому они болтаются в углу страницы.
Мне как-то ранее не приходилось заниматься этим вопросом. Нужно будет порыться в интернете. Возможно, искать не на слово Comment, а на слово Annotation.
Если ничего не будет найдено, то скорее всего можно будет придумать программную коррекцию (если это действительно важно). То есть сначала сосканировать примечания в системе Visio 2007, потом правильно позиционировать их в Visio 2013. Естественно, из-за десятка примечаний связываться с этим смысла нет, проще руками переместить.